Asociación para el Fomento de los Estudios Históricos en Centroamerica

Continuó en este puesto hasta abril de 1797, pero desde abril de 1796 se desempeñó también como Asesor del Cabildo y Juzgado Ordinario como sustituto temporal de don Antonio Isidro Palomo. Durante la corta existencia de la Real Sala del Crimen tuvo el cargo de Relator desde abril de 1797 hasta febrero del año siguiente.

En abril de 1800 el Presidente de la Real Audiencia don José Domas y Valle le nombró Asesor Letrado interino de la Intendencia de León mientras tomaba posesión el propietario nombrado por el Rey don Juan Miguel de Bustamante y Castro. Por estos primeros años del siglo XIX Barroeta contrajó matrimonio en León con doña Bárbara Díaz Cabeza de Vaca y Palacios, hija legítima de don Francisco Díaz Cabeza de Vaca y doña Rosalía Palacios, y hermana del primer Jefe del Estado de Guatemala don Alejandro Díaz Cabeza de Vaca.

A fines de 1805 se trasladó por razones desconocidas con su familia a Costa Rica, la provincia más pobre y remota del Reino. Como en Costa Rica no había ningún abogado graduado de una universidad, Barroeta fue muy bien recibido en aquella provincia. En los siguientes años desempeñó los más elevados cargos dentro el gobierno provincial como Teniente Gobernador y Alcalde de San José e intervino como autoridad más preparada en muchos casos que se apelaron ante el gobernador. En agosto de 1813 y octubre de 1820 los electores de la provincia le elegieron Diputado a las Cortés y Diputado Provincial respectivamente sin que tomaba posesión de estos cargos. En los albores de la independencia Barroeta actuó como Juez de Residencia del Gobernador Tomás de Acosta y Alcalde Primero de San José (1820).

Durante los acontecimientos de octubre y noviembre de 1821, Barroeta tomó un rol significativo participando en la Junta de los Legados de los Pueblos que discutió y aprobó el Pacto Social Fundamental lo cual se puede considerar como fundamento de la primera constitución de 1825. También pertenecía a la Junta Interina que preparó las elecciones para integrar la primera Junta Gubernativa que debió de asumir todas las responsabilidades en los ramos de hacienda, guerra y política. Electo en enero de 1822 presidente de esta junta, Barroeta se inclinó en la cuestión del sistema futuro de la Provincia incondicionalmente a la fracción imperial.

Sustituido en abril del mismo año en la presidencia, Barroeta se retiró pronto de la junta a causa de diferencias ideológicas con los demás miembros. La segunda Junta Gubernativa que se formó en enero de 1823 estaba integrada por cinco miembros, entre ellos Barroeta. Se agravaron durante este mismo año las fricciones entre la banda republicana e imperialista a quién apoyó Barroeta. Don Rafael. Don Rafael se opuso enérgicamente a cada medida que podría afectar la integración incondicional al Imperio Mexicano. Las discrepancias entre Barroeta y los liberales josefinos aumentaron hasta que estos le pidieron su renuncia. Poco después de haberse retirado por segunda vez de la junta, Barroeta sufrió un ataque de locura que duró solamente 24 horas pero esto le impidió desempeñar cargos públicos.

Aparentemente mejoró su estado poco después porque en febrero de 1824 él pidió a la junta que le rehabilitara para administrar sus bienes lo que le fue concedido. No obstante, el año siguiente en vista de que la salud fue detoriorándose don Matías Sandoval Porras fue nombrado tutor de don Rafael hasta la muerte de éste en agosto de 1826.

Barroeta tuvo en su matrimonio con doña Bárbara varios hijos de los cuales solamente Rafael y Rosalía llegaron a la adolescencia. Rafael desempeñó cargos importantes como Presidente del Consejo de Estado, Designado a la Presidencia y Ministro de Estado durante la administración de su sobrino don Tomás Guardia Gutiérrez, mientras Rosalía se casó con don Manuel de Alvarado Alvarado, progenitores de la familia Alvarado-Barroeta con larga descendencia hasta nuestros días.